Es posible que te estés preguntando si iptables-restore soporta de alguna manera los scripts. Y la respuesta es que de momento no, y lo más probable es que nunca lo haga. Este es el principal problema derivado del uso de iptables-restore, puesto que no podrás hacer una gran cantidad de tareas con estos ficheros. Por ejemplo: ¿qué ocurre cuando tienes una conexión a la que se le asigna dinamicamente su dirección IP y quieres captar esta dirección cada vez que el ordenador arranca para utilizarla en tus scripts? Con iptables-restore, ésto es prácticamente imposible.
Una posibilidad de conseguirlo es crear un pequeño script que primero capte los valores que quieres usar en las reglas, después busque ciertas claves en el fichero creado por iptables-save y las sustituya por los valores captados anteriormente. Una vez llegados a este punto, puedes salvar el fichero modificado en un fichero temporal y utilizar el comando iptables-restore para cargar los nuevos valores. Sin embargo ésta manera de proceder causa un montón de problemas y no podrás utilizar correctamente iptables-save, pues probablemente eliminará los valores añadidos manualmente (por el script). En definitiva es una solución, cuando menos, poco acertada.
Otra posible solución sería cargar los ficheros con iptables-restore y a continuación ejecutar un script que inserte reglas más dinámicas en los lugares adecuados. Por descontado, esta manera de proceder es tan poco acertada como la anterior. La cuestión de fondo es que iptables-restore no está adaptado para aquellas configuraciones dónde las direcciones IP se asignan al cortafuegos dinámicamente, o dónde deseas diferentes comportamientos dependiendo de los valores de determinadas opciones de configuración.
Otro inconveniente de iptables-restore e iptables-save es que de momento no son plenamente funcionales. El problema radica en los pocos usuarios que utilizan estos comandos y por tanto son pocos los que buscan fallos, de forma que es posible que algunas comparaciones y objetivos se inserten mal, y ésto lleve a comportamientos extraños o no esperados. A pesar de todo, aunque existen estos problemas, recomendaría encarecidamente utilizar estas herramientas, ya que deberían funcionar perfectamente bien para la mayoría de conjuntos de reglas, siempre que no contengan algunos de los nuevos objetivos o comparaciones que no sabe cómo manejar convenientemente. En un par de frases: si tus conjuntos de reglas no están absolutamente "a la última", estas herramientas funcionan como caídas del cielo.